Les programmes sont le troisième étage du PRS après le PSRS et les schémas.
Ils prévoient les actions et les financements permettant la mise en œuvre du Projet Régional de Santé. Un même programme peut prévoir des mesures relevant de plusieurs schémas.
Par ailleurs, chaque programme détermine les résultats attendus, les indicateurs permettant de mesurer leur réalisation et le calendrier de mise en œuvre des actions prévues. Il fixe les modalités de suivi et d'évaluation de ces actions. 

4 programmes obligatoires constituent le PRS :

• Le Programme interdépartemental d'accompagnement des handicaps et de la perte d'autonomie (PRIAC)
  
• Le Programme régional d'accès à la prévention et aux soins (PRAPS)
  
• Le Programme régional de télémédecine
  
• Le Programme régional de gestion des risques (PRGDR)

Depuis l’automne 2011, deux instances de pilotage ont été mises en place ainsi que des groupes de travail associant les acteurs concernés pour préparer la rédaction des programmes suivants :

- Programme régional de télémédecine
- PRAPS

Les projets de programmes à l’issue des travaux de ces groupes sont attendus pour le 1er mai 2012.
Le Programme régional de gestion des risques est élaboré chaque année en fonction des orientations fixées par l’UNCAM.
Le PRIAC pour 2012 sera élaboré en fonction des directives de la CNSA et des orientations du SROMS.